W dniach 3-28 września 1939 r. był dowódcą Obrony Warszawy. Wspólnie z Komisarzem Cywilnym Stefanem Starzyńskim kierował heroiczną walką o stolicę.
"Wódz Naczelny powierzył nam obronę stolicy. Żąda on, by o mury Warszawy rozbił się napór wroga. Objęliśmy pozycję, z której nie ma zejścia" - pisał w rozkazie do żołnierzy gen. Czuma.